بحث درباره منشأ نظریه ولایت فقیه، همواره یکی از محورهای مهم پژوهش‌های فقه حکومتی در سنت شیعه بوده است. در برخی برداشت‌های عمومی، چنین تصور شده که این نظریه ابتکار امام خمینی است و پیش از ایشان، فقیهان شیعه سخنی با این سطح از صراحت و گستره درباره ولایت فقیه نگفته‌اند. در نقد این مطلب باید گفت ولایت فقیه به عنوان «نظریه‌ای فقهی» نه‌تنها ابتکار امام خمینی نیست، بلکه ریشه‌های آن در میراث وسیع فقهای متقدّم شیعه و به‌ویژه در روایات اهل‌بیت(ع) جای دارد ولی ابتکار اصلی در اجرای امر ولایت فقیه در قانون یک کشور بوده است.
بر اساس این نگاه، فقیهانی همچون ملا احمد نراقی با طرح بحث ولایت فقیه در آثار خود، زمینه آشنایی نسل‌های جدید با این مفهوم را فراهم کرده‌اند. نراقی در عوائد الایام با رویکردی صریح، همه شؤون ولایت معصوم را ـ جز موارد استثنایی ـ برای فقیه جامع‌الشرایط معتبر می‌داند. همین صراحت موجب شده است که به‌عنوان یکی از حلقه‌های مهم در تکوین نظریه ولایت فقیه شناخته شود. با وجود این، پیش از نراقی نیز فقیهانی مانند شیخ طوسی، صاحب جواهر و دیگر بزرگان، اصل ولایت و نیابت عامه فقیه را در امور مختلف مطرح کرده‌اند.
از منظر تاریخی، یکی از نخستین منابعی که بحث نیابت فقیه در امور حکومتی در آن دیده می‌شود، آثار شیخ مفید است. وی در المقنعه تصریح می‌کند که اجرای برخی از حدود و احکام در زمان غیبت، نیازمند صاحب ولایت شرعی است و این وظیفه به فقیه واجد شرایط سپرده می‌شود. پس از او، فقهایی چون ابن ادریس حلی و صاحب جواهر نیز این مسیر را ادامه داده‌اند و بر این نکته تأکید کرده‌اند که جامعه نمی‌تواند در شرایط تعارض و اختلاف بدون مرجع مشروع باقی بماند. در این تحلیل، وجود «سلطان حق» یا «ولی منصوب از سوی امام» برای رفع اختلافات و اجرای احکام ضروری است.
اجرای حدود و احکام الهی امری نیست که عموم مردم به‌صورت مستقیم متصدی آن شوند؛ بلکه این وظیفه بر عهده حاکم مشروع است. اگر حاکم مشروع حضور نداشته باشد یا نصب مستقیم صورت نگیرد، نوبت به فقیه جامع‌الشرایط می‌رسد که از سوی اهل‌بیت(ع) برای این امور نیابت یافته است.
در این دیدگاه، روایات متعددی از امام صادق(ع) و امام زمان(عج) نیز پشتوانه نظری ولایت فقیه شمرده می‌شود. از جمله روایاتی که مردم را در دوران غیبت به «فقیه جامع‌الشرایط» ارجاع می‌دهد و او را صاحب ولایت در رفع اختلافات و اجرای احکام قلمداد می‌کند. این روایات، مبانی قرآنی و حدیثی اصل نیابت عامه فقیه را تثبیت می‌کنند. بنابراین، اصل نظریه از اهل‌بیت نشئت گرفته و در فقه امامیه استمرار یافته است.
امام خمینی نه مبتکر اصل نظریه، بلکه مبتکر «ساختاردهی حکومتی» به این نظریه در قالب نظام سیاسی معاصر بوده است. بدین معنا که نظریه‌ای ریشه‌دار در فقه شیعه، با ابتکار ایشان در قالب نظام جمهوری اسلامی صورت‌بندی نهادی پیدا کرد و از سطح نظریه فقهی به سطح ساختار عملی حکومت انتقال یافت. به همین دلیل، نسبت دادن خاستگاه ولایت فقیه به شخص امام خمینی، نادقیق است؛ اما نسبت دادن «پیاده‌سازی حکومتی» آن به ایشان درست است.
به‌این‌ترتیب، ولایت فقیه نه نظریه‌ای متأخر، بلکه امتداد یک سنت طولانی فقهی است که با استناد به روایات اهل‌بیت و آثار فقهای بزرگ شکل گرفته و در دوران معاصر در قالب ساختار سیاسی منسجم تحقق یافته است.
