به گزارش رحا مدیا، شهید سید مصطفی خمینی در مسائل مرتبط با نهضت امام خمینی با هیچکس، حتی نزدیکترین دوستانش تعارف و مماشات و محافظهکاری نداشت.
بصیرت انقلابی ایشان بهگونهای بود که نهتنها تحتتأثیر افراد و جریاناتی که با چهرهای انقلابی اهداف خود را دنبال میکردند قرار نمیگرفت، بلکه با پیبردن به ماهیت واقعی آنها، علیه آنها افشاگری میکرد.
زمانی که سازمان مجاهدین خلق چهره واقعی خود را نشان نداده بود و برخی چهرههای سیاسی با آنان همراهی میکردند، این مجتهد جوان علیه آنها افشاگری میکرد. و یا زمانی که مسئله علی شریعتی اوج گرفتهبود، ایشان که به ماهیت شریعتی پی بردهبود از او دوری میکرد.
شهید سید مصطفی خمینی در حالی بهعنوان مجتهدی جوان در مباحث علمی بهویژه فقه و فلسفه شهرت داشت که بهشدت از روحیه خود مجتهدپنداری پرهیز میکرد.
به تعبیر بسیاری از علمای حوزه علمیه، اگر کسی بخواهد طرز فکر اجتهادیِ بهروز، کارآمد، فعال و پویا پیدا کند، یکی از راهها، مطالعه آثار این مجتهد شهید است.